COVID-19 ProjectionsはYouyang Gu氏が構築したシミュレータです。
オープンソースですので誰でも実行可能です。
https://covid19-projections.com/
COVID-19 Projections
ソースコード
ダウンロードし、適当なフォルダに入れておきます。
https://github.com/youyanggu/yyg-seir-simulator
実効に必要なもの
- python
- Numpy
Anacondaをインストールすることでpythonの開発環境が構築できます。(Numpyも同時にインストールされます)
Anacondaのインストールについては↓のサイトが参考になります。
https://sukkiri.jp/technologies/ides/anaconda-win_install.html
Spyder
anacondaに含まれます。
Anaconda Navigatorから実行するか、直接実行します。
ソースコード読み込み、実行
ダウンロードしておいたソースコードをフォルダごと読み込みます。
「run_simulation.py」をダブルクリックします。
本来であれば引数を渡して実行すれば良いのですが上手くいきませんでした。
仕方が無いので「run_simulation.py」を修正して実行することにしました。
「simulation_start_date」から「FALL_R_MULTIPLIER」までを修正し、実行する(Run File)ことでシミュレーションが可能になります。
パラメータ値は以下の場所から取ってきます。
https://github.com/youyanggu/yyg-seir-simulator/tree/master/best_params/latest/global
シミュレーション結果
日本の12月1日の感染状況予測です。
あまりスマートな方法では無いですが何とか実行できました。
simulation.pyのrun()関数がシミュレータの本体になります。
理解するのは大変そうです。
https://github.com/youyanggu/yyg-seir-simulator/blob/master/simulation.py
